Ідея створення відділення в Ніжині однієї з установ Національної академії наук України виникла ще в 2005 році
Ця установа має довгу назву – Північно-східне регіональне відділення Центру пам’яткознавства Національної академії наук України і Українського Товариства охорони пам’яток та культури.
Історики наголошують, що це відділення не ніжинське, а саме північно-східне, бо географія досліджень науковців цього відділення виходить далеко за межі міста, хоча сам осередок знаходиться у Ніжині – базується поки у стінах історичного відділу Ніжинського краєзнавчого музею імені Івана Спаського.